Yamaha E01 memiliki tampilan seperti skutik Maxi namun bagian depannya sedikit landai dengan penempatan dua buah lampu di bawah topengnya seperti Yamaha YZF-R1. Pada bagian pijakan kaki pengemudi, motor ini memiliki desain seperti pada Yamaha NMax. Pada bagian belakang, ketinggian jok dibuat berbeda. Yamaha E01 memiliki lampu rem lebih pipih dan tak ada spakbor bagian belakang.
Yamaha E01 menggunakan spakboard model gantung. Penggunaan spakboard jenis ini memberikan kesan bagian belakang yang lebih luas. Motor ini juga dilengkapi dengan dual shock breaker pada bagian belakang motor.
Yamaha E01 memiliki sistem motor listrik yang tidak tersambung secara langsung dengan ban belakang. Hal ini menyebabkan motor Yamaha E01 menggunakan sistem sabuk untuk menyalurkan tenaga motor ke roda belakang. Menurut keterangan Morimoto kepada kumparanOTO, desain penggerak seperti ini akan sangat cocok dengan karakter jalan Indonesia terutama jika motor harus melewati genangan banjir.
